Алексей Сергеевич является основателем и главным врачом медицинской клиники Центр Филонова.

Все специалисты Центра Филонова ведут приемы пациентов согласно единой концепции, разработанной Алексеем Сергеевичем. В основе этой концепции лежит принцип Триады здоровья.

Организм человека рассматривается в Центре Филонова как единое целое, имеющее три основополагающих уровня: ментальный, биохимический и структурный. Восстановление нарушенных функций организма или профилактирование изменений всегда затрагивают все эти уровни. При этом на каждом уровне применяются свои, отличные от других техники и методики воздействия.

Алексей Сергеевич в Центре ведет прием как врач мануальной терапии, остеопат. Проводит значительное количество первичных приемов, а также приемов по сложным случаям, сочетанным травмам и заболеваниям.